Informacje ogólne:

Obok połączenia immunoprecypitacji chromatyny (ChIP) i wielkoskalowego, równoległego sekwencjonowania DNA, ChIP-Seq jest powszechnie stosowaną metodą do badania in vivo interkacji pomiędzy białkiem i DNA. W porównaniu do ChIP-chip (opartych o platformy mikromacierzowe), ChIP-Seq może efektywnie i dokładnie zidentyfikować miejsce wiązań białek związanych z DNA. Metoda ta, wraz z danymi RNA-seq, jest szeroko stosowana do mapowania globalnych miejsc wiązań danego białka oraz do badań modyfikacji histonowych i regulacji transkrypcji.

Możliwości, korzyści:

• Badanie interakcji białko-DNA w skali genomowej
• Do zidentyfikowania miejsc wiązania białek w skali całego genomu wystarczy niewielka ilość informacji
• Niski stopień szumu bez cross-hybrydyzacji
• Niewielka ilość wejściowego DNA (~10ng)