Podczas planowania eksperymentu metagenomicznego badacze stają przed wieloma dylematami. Aby poznać potencjał genetyczny i metaboliczny danego środowiska wybieramy pełną metagenomikę typu shotgun. Jeśli celem jest identyfikacja taksonomiczna sięgamy po metagenomikę amplikonową (metabarkoding). Wybór tego ostatniego nie oznacza końca rozterek. Obok złotego standardu, jakim jest metabarkoding wybranych regionów hiperzmiennych 16S/18S/ITS, serwisy NGS oferują sekwencjonowanie tych genów w całości w technologii długich odczytów Oxford Nanopore lub PacBio. Pozostając przy ugruntowanej metodzie, opartej o krótkie odczyty, stajemy jeszcze przed wyborem platformy: MiSeq w trybie 2x300nt czy może NovaSeq w trybie 2x250nt? W obliczu tych wszystkich dylematów nieocenioną pomoc i właściwe porady można otrzymać od doświadczonego dostawcy usług NGS, jakim jest Genomed S.A.
To streszczenie wystąpienia pt. „Jak dopasować metodę NGS do rodzaju próbki metagenomicznej, pytania badawczego i... zmieścić się w budżecie”, które miał zaszczyt wygłosić dr Jarosław Kosakowski w Lublinie w ramach sesji IV: „Metagenomika aplikacyjna, metabolomika, proteomika i ich. znaczenie w monitoringu jakości środowiska i zdrowiu człowieka”.
Genomed S.A. był sponsorem VIII Ogólnopolskiego Sympozjum Mikrobiologiczne "Metagenomy różnych środowisk", organizowanego przez Katolicki Uniwersytet Lubelski, które odbyło się w dniach 17-18 czerwca 2024 r. Konferencja skupiła się na najnowszych osiągnięciach w metagenomice, metataksonomice, metatranskryptomice, metabolomice, proteomice, mikrobiologii oraz mykologii. Nasze stoisko cieszyło się dużym zainteresowaniem, co pozwoliło na wiele inspirujących rozmów i nawiązanie nowych kontaktów.
Dziękujemy organizatorom za zaproszenie i wszystkim uczestnikom za owocne spotkania!
Zespół Genomed SA
