Usługi Sekwencjonowania NGS 
Sekwencjonowanie de novo całych genomów
Informacje ogólne:
Sekwencjonowanie de novo pozwala poznać genom wybranego organizmu (gatunku, struktury) bez odnoszenia się do sekwencji referencyjnej. Złożenie genomów de novo opiera się na metodach bioinformatycznych składających mapę genową od podstaw, dając w ten sposób wgląd w organizację informacji genetycznej badanego organizmu (struktury). Sekwencjonowanie de novo genomu można przeprowadzić dla organizmów zwierzęcych, roślinnych oraz mikroorganizmów, a także plazmidu, sztucznego chromosomu, etc. Rozszyfrowanie genomu jest kluczowe dla zrozumienia funkcjonowania organizmu.
- wysoka przepustowość i efektywność metody gwarantuje niski koszt badania
- wysoka precyzja i pokrycie badanej sekwencji
- wykorzystanie specjalistycznego oprogramowania do obróbki danych
-
Analiza bioinformatyczna obejmuje:
-
składanie (ang. assembly)
-
annotacje
-
mapę genetyczną, analizę strukturalną i funkcjonalną genów (mikroorganizmy)
-
Parametry techniczne - wymagania dotyczące próbek:
WGS – małe genomy (bakterie, drożdże, wirusy, fagi, plazmidy, mitochondria)
Ilość ≥ 500 ng, stężenie ≥ 5 ng/μl, objętość ≥ 20 μl
WGS – duże genomy (człowiek, zwierzęta, rośliny)
Ilość ≥ 2 μg, stężenie ≥ 50 ng/μl, objętość ≥ 20 μl
WGS – biblioteki PCR-free
Ilość ≥ 2 μg, stężenie ≥ 50 ng/μl, objętość ≥ 20 μl
WGS - Oxford Nanopore lub PacBio (izolacja kitem do wysokocząsteczkowego DNA, jak najmniejsze smużenie w rozdziale elektroforetycznym)
małe genomy (<100 Mpz): Ilość ≥ 1.5 μg, stężenie ≥ 70 ng/μl, objętość ≥ 20 μl
duże genomy (>100 Mpz): Ilość ≥ 6 μg, stężenie ≥ 100 ng/μl, objętość ≥ 60 μl
Jakość próbki: próbka niezdegradowana, bez kontaminacji RNA
Czystość próbki: OD260/280 = 1,8 - 2,0-
Używamy